兰州交通大学博文学院图书馆机构设有办公室、信息咨询服务部、文献采编部、流通部、期刊阅览部、档案室、自动化部等7个部门。  
　　办公室：位于图书馆二楼东侧，主要负责全馆工作的统筹、规划、对外宣传、联络、接待及行政后勤保障工作。
　　信息咨询服务部：位于图书馆二楼东侧，主要负责读者文献信息检索工作,向读者提供图书馆的馆藏资源的查询及馆内外各类文献的检索支持服务等。
　　文献采编部：位于图书馆二楼西侧，主要负责对所购图书的验收、登录、前期加工，进行分类标引、主题标引、著录、后期加工，负责典藏和新书通报。
　　流通部：位于图书馆二楼、三楼、四楼、五楼，负责图书外借及九个开架书库的管理，负责图书相关业务和读者证件管理工作。
　　期刊阅览部：位于图书馆三楼，主要负责期刊、过刊、报纸的陈列阅览，阅览室的管理。
　　信息自动化部：位于图书馆二楼南侧，主要负责图书馆管理信息系统、图书馆网站及数据库、网络维护以及电子阅览室的管理。
　　档案室：位于图书馆五楼西侧，主要负责收藏和管理学院各个部门的纸质文献资料，以及对外提供档案资料的查询、复制、证明等服务。